Cette récompense personnel lui permirent de signer pour le FC Barcelone. Il va très vite devenir un des chouchous du Camp Nou. Ces nombreux coups de gueules sur le terrain (insultes, problème avec les arbitres) ravissait les supporters. Lors de son premier passage en Catalogne, il remporta un nombre impressionnant de titre. Quatres championnat d'Espagne de 91 à 94, une coupe nationale en 90, une Supercoupe d'Espagne, une Supercoupe d'Europe et une Coupe d'Europe des clubs champions en 92. Sa superbe saison 91/92 ne lui permirent malheureusement pas de remporter le ballon d'or France Football (il termina deuxième derrière Van Basten). Il le recevra finalement deux ans plus tard en 94.
L'année de son ballon d'or, Hristo Stoickhov disputa une superbe Coupe du Monde aux Etats Unis. Au coté des Kostadinov, Balakov ou autre Ivanov, le joueur du barça est le maitre artificier de la sélection bulgare. Il sera le meilleur buteur de la compétition à égalité avec le russe Oleg Salenko (6 buts chacun). La Bulgarie finira quatrième de la compétition après un match pour la petite finale totalement rater (défaite 4-0 face à la Suède).
En 1995, Stoickhov quitte Barcelone pour rejoindre le club italien de Parme. Il n'y reste qu'un ans et ne s'y impose jamais totalement. L'année suivante il retoune en Catalogne ou il se contente d'une place sur le banc de touche. Stoichkov remporte tout de même deux nouvelles coupes d'Espagne en 97 et 98 ainsi qu'une Coupe des Vainqueurs de Coupes en 97 contre le Paris Saint Germain.
La fin de carrière de l'attaquant bulgare (37 buts en 83 sélections) est moins glorieuse. Il enchainera les experiences à l'etrangers dans des clubs de seconde zone. Tout d'abord en Europe au CSKA Sofia, puis en Asie ou il remporta la coupe d'asie en 98 avec le club japonais des Kashima Reysol (il joua également dans le club saoudiens d'Al Nassr) et enfin aux Etats Unis dans les clubs de Chicago Fire et de Washington DC. Stoichkov mit fin à sa carrière de joueur en décembre 2003.
